InnoDBがDISABLEDになってしまう(InnoDB: Error: log file ./ib_logfile0 is of different size ....)

いま使っているMySQLのバージョンは5.0。InnoDBはバージョン4.0くらいからデフォルトでサポートされるようになっているので、--without-innodbのオプションでインストールしない限りは普通に使える。
が、突然InnoDBが使えなくなってしまった。
mysql> show engines;
とやってみると、InnoDBがDisabledになってる。なぜだろう。
errログを見てみると、
InnoDB: Error: log file ./ib_logfile0 is of different size 0 5242880 bytes
と書いてある。どうやら、my.cnfにあるInnoDBのファイルサイズと、実在するファイルサイズで整合性が取れなくなっているらしい。というわけで、
ib_logfile
ibdata
この２つのファイルを削除し、mysqldを再起動したら直った。