ini_set("mbstring.internal_encoding", "utf8");これで直りました。utf8のところは適宜文字コードに合わせてsjisとかにします。
Apache経由とコマンドラインでは文字コード設定が異なることがあり、それが原因でブラウザでのアクセスは問題ないのに、コマンドラインから実行すると文字化けする、ということが起こるようです。
レンタルサーバーなどによってはそういう設定になってることもあるので、cron等でコマンドラインからphpを動かす時は注意したほうが良いようです。
